In New Gotham sind die Legenden von Batman, Robin, Nightwing, Red Hood und den Turtles miteinander verschmolzen. Bruce, Leo, Raphael, Donatello und Michelangelo kämpfen als Team gegen das Böse. Um den außerirdischen Eroberer Krang zu stoppen, müssen sich die Helden jedoch an ihre wahren Geschichten, aber auch Feinde wie Shredder und den Joker erinnern.