Vice-reinado da Nova Espanha, século XVI. Juan de Toñanes, velho garimpeiro que ajudou a Coroa na conquista do México e agora proprietário de uma taverna decadente, recebe a missão de capturar um indígena renegado também chamado Juan e conhecido como Pai. Com "certa experiência com a espada e uma disposição mediana para a aventura", o ex-soldado inglório aceita a empreitada e parte em busca de seu homônimo. Duas semanas é o tempo fixado para concluir a missão, mas o encargo vai além: dura meses, anos, décadas, séculos, enquanto a figura profética do Pai assume diferentes contornos e encarnações de poder.
Nem mesmo os mortos é uma viagem trans-histórica alucinada, poética e filosófica em que os personagens, o tempo e o progresso se refletem e se debatem em um jogo de espelhos enevoado. Ao norte, sempre ao norte, Juan chega a dias recentes atravessando o muro de Trump, "uma cicatriz que sutura o deserto em duas desolações iguais".