Lorsque la Fédération galactique débarque sur Terre pour récupérer Stitch, Lilo et Nani comprennent que garder leur compagnon alien auprès d'elles va s'avérer plus compliqué que prévu, et ce malgré les papiers d'adoption en possession de Lilo qui prouvent qu'elle a recueilli Stitch.

Car derrière son air de peluche se cache une créature conçue pour détruire. Pour rester sur Terre, Stitch va devoir prouver qu'il peut écouter, obéir... et contrôler ses pulsions dévastatrices. Mais Lilo étant trop jeune, c'est Nani, 19 ans, qui est envoyée aux côtés de Stitch sur Turo, la planète où se trouve l'Académie de la Fédération galactique, pour s'entraîner et passer des épreuves décisives.

Cependant, Nani et Stitch ne s'entendent pas vraiment et, sur place, les choses se compliquent encore : le commandant de l'Académie semble déterminé à les faire échouer. Mais pourquoi ?

Stitch et Nani parviendront-ils à surmonter leurs différends et à prouver que l'extraterrestre tout doux sait écouter, ou leur 'ohana sera-t-elle brisée à jamais ?